Merneptah là con thứ tư của Isetnofret, vợ thứ hai của Ramesses II, và ông đã cưới hoàng hậu Isetnofret II, có thể là một người chị em mang tên mẹ của họ. Và có thể là Merneptah cũng cưới hoàng hậu Takhat, mẹ đẻ của pharaon soán ngôi Amenmesse.

Sau khi 12 người anh lần lượt qua đời, ông được chỉ định làm Thái tử và nối ngôi sau khi Ramesses băng hà[2][3]. Ông có ít nhất 2 người con[4]:

• Seti II, vua thứ năm của Vương triều thứ 19. Mẹ là Isetnofret II.
• Tiy-Merenese, hoàng hậu của pharaon Setnakhte và là mẹ của pharaon Ramesses III. Không rõ mẹ của công chúa.
• Hoàng tử Merenptah (?), biết đến qua 2 bức tượng của pharaon Merneptah. Ông có lẽ được phong thái tử nhưng bị Amenmesse giết chết[5].
• Công chúa Isetnofret (?), được gọi là Isetnofret D để phân biệt với các bà Isetnofret khác[5].
• Hoàng tử Khaemwaset (?), xuất hiện trên tượng của hoàng hậu Isetnofret II.